6年間の教育課程をすべて終えて卒業し、医師国家試験に合格すると卒業生はいろいろな進路を選択します。研修医として2年間初期臨床研修を行い、その後、専門科を決めてから3年間レジデントとして研修します。その後は、本学の臨床医学講座で専門医の修練を行ったり、大学院で研究に従事します。一部の者は卒業後、基礎医学者の道を選択し、研究者として第一歩を踏み出します。また、医療行政の道を歩む者もいます。このように、卒業後はいろいろな選択肢があります。

本学では建学の精神に基づき「優良な医師育成」を目的として、卒後臨床教育システムを構築しています。これは、2年間の「初期臨床研修コース」と、これに続く3年間の「専門修得コース（レジデント）」によって構成され、本学附属4病院および関連病院を有効に利用することにより、全人的医療を行える基盤を培うとともに、大学病院としての高度な専門的医療が行える医師を養成しようとするものです。 初期臨床研修コースは、平成16年4月の医師法改正により、医師の臨床研修が必修化され、基本的診療能力修得のため全国的な到達目標が設定されました。 本学では、到達目標を達成すべく、基本研修科目（内科、外科、麻酔科、救急）、必須科目（精神科、小児科、産婦人科、地域保健・医療）の他に、個人が自由に決定できる選択科目を加え、更に附属4病院それぞれの特色を加えた研修プログラムとなっております。一方、専門修得コース（レジデント）では、各学会認定の専門医資格取得を視野に入れ、専門的知識、技能の修得を目的とした独自のプログラムが診療科ごとに作成されています。 本学附属病院では、基本的にこれら卒後臨床教育の修了を採用応募資格の条件としています。